上海BioNumerics生物信息學軟件價格
BioNumerics提供的是一個對生物學實驗產(chǎn)生的各種類型的海量數(shù)據(jù)進行存儲、管理和查詢,并在此基礎(chǔ)上進行親緣關(guān)系分析、聚類分析、數(shù)理統(tǒng)計分析及鑒定等的生物信息學軟件,幫助研究人員深入挖掘?qū)嶒灲Y(jié)果的深層生物學意義。
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一、生物信息學軟件主要特點
BioNumerics是能夠以生物學的各種試驗數(shù)據(jù)作為輸入數(shù)據(jù), 以強大的整合數(shù)據(jù)庫為中心,對生物學數(shù)據(jù)進行比較,分析,研究的系統(tǒng)。它是在業(yè)內(nèi)的凝膠電泳分析軟件GelCompar II的基礎(chǔ)上整合其他功能而來的,它有以下三個重要特征:
1.數(shù)據(jù)管理:提供對指紋類型、2D膠類型、序列類型、字符類型、矩陣類型、曲線和動力學描述類型等所有生物學數(shù)據(jù)存儲,提取,搜索功能,非常適合做生物實驗室數(shù)據(jù)管理的核心。
2.數(shù)據(jù)分析:通過對數(shù)據(jù)進行比較篩查,分析數(shù)據(jù)之間的不同點和相似性,從而將數(shù)據(jù)進行分類,定義,和統(tǒng)計學分析,并可用來鑒定未知的生物體。BN分析功能的獨特之處在于它可以綜合不同實驗方法的的結(jié)果,給用戶一個可靠的結(jié)論。
3.網(wǎng)絡(luò)共享:使用BN提供的網(wǎng)絡(luò)共享功能,在的網(wǎng)絡(luò)里,用戶之間可以方便地交換共享生物數(shù)據(jù),并能導入互聯(lián)網(wǎng)上知名的專業(yè)數(shù)據(jù)庫。
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二、BioNumerics生物信息學軟件 技術(shù)參數(shù)
數(shù)據(jù)處理的應用模塊(共5個)
Fingerprint types:可以處理PFGE, AFLP, RFLP, RAPD, REP-PCR, ARDRA, isoelectric focusing,DGGE, TGGE等電泳數(shù)據(jù);導入各種格式的光譜數(shù)據(jù):氣相色譜和液相色譜數(shù)據(jù),DHPLC、 LCMS、MALDI-TOF和ESI譜的數(shù)據(jù)。
Character types:可以處理生物抗性實驗數(shù)據(jù);脂肪酸甲基化脂(FAME)分析數(shù)據(jù);生物顯性陣列數(shù)據(jù);API表型測試數(shù)據(jù);微陣列芯片數(shù)據(jù);Dot blots和probe sets數(shù)據(jù);Spoligo—typing數(shù)據(jù);生化試驗數(shù)據(jù);酶活和代謝活性數(shù)據(jù)等。
Sequence types:可以處理核酸(DNA或RNA)和氨基酸序列;自動測序儀(Applied Biosystems, Beckman, Amersham等)得到的色譜文件;廣泛的識別各種序列格式,包括EMBL, GenBank和Fasta格式。
能夠快速導入來自各種高通量測序平臺的序列(如Roche/454,Illumina,IonTorrent…)。在標記基因的深度測序基礎(chǔ)上進行宏基因組學分析。通過原始序列讀取進行微生物群落的定量化、可視化和比對。
Whole Genome Map Types: 全基因組圖譜數(shù)據(jù)(OpGen公司)的XML直接導入,快速可視化和聚類全基因圖譜,通過全基因組限制性圖譜提供的非常詳細的菌株信息來對流行病菌株進行分型和特性描述。
Trend data types:處理實時熒光定量 PCR數(shù)據(jù);代謝活性和酶活性的動力學數(shù)據(jù);微陣列實驗中的時間進程數(shù)據(jù),生長曲線數(shù)據(jù)等和趨勢相關(guān)的實驗數(shù)據(jù)。
生物實驗數(shù)據(jù)分析的功能模塊(共5個)
Tree and Network Inference:對導入數(shù)據(jù)庫中的凝膠圖譜、字符型數(shù)據(jù)等各種數(shù)據(jù)記錄之間,多種試驗之間, 使用廣泛的相似性系數(shù)和聚類算法建立比較,進行聚類和系統(tǒng)進化分析。對導入的色譜和光譜曲線數(shù)據(jù)、質(zhì)譜圖進行主成分分析,矩陣挖掘和創(chuàng)建鑒定項目等。
Classifiers and Identification:根據(jù)導入的各種生物試驗數(shù)據(jù),通過各種算法對已知生物體進行分類;對未知的生物體進行物種鑒定。
Dimensioning and Matrix Mining:把數(shù)據(jù)庫中的記錄按兩維或多維空間進行聚類分析,主要包括主成分分析(PCA)和多向度量法(MDS)等,評估各種聚類分析方法的可靠性。通過廣泛統(tǒng)計學分析和確認測試工具進行多元方差分析,從而可以評估數(shù)據(jù)組之間的相互關(guān)系或者對用戶限定條目進行聚類分析。
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Genome Analysis Tools:對基因組和染色體進行并排式比較、注釋,能夠快速突出基因組的差異?;跇擞浕虻臏y序,利用宏基因組學的工具對微生物群體進行分類和鑒定。
Versioning & Audit Trails:為所有輸入到 BioNumerics中數(shù)據(jù)的修改和編輯提供追蹤和審計,符合GMP和FDA的要求。提供安全的數(shù)字簽名功能,使數(shù)據(jù)的確認和添加更符合規(guī)范。
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三、BioNumerics生物信息學軟件 應用領(lǐng)域
隨著生命科學領(lǐng)域越來越多的對表型,基因型,電泳圖,序列信息等各種數(shù)據(jù)的整合的需求, 研究者們遭遇了兩個主要的問題:
(1) 對各種不同類型的高通量的數(shù)據(jù)的存儲和查詢,;
(2) 基于這些不同類型的數(shù)據(jù)對不同的物種或樣本的研究,分析和比較。 一方面對凝膠譜, 表型數(shù)據(jù), 基因芯片及序列都有各自的特異的軟件來分析, 另一方面, 需要存儲大批量數(shù)據(jù)的強大的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)。 同時, 需要一些通用的數(shù)學分析的方法來對數(shù)字信息進行比較分析。 所有的這些都是生物信息學所研究的復雜的問題中的一部分。 基于上面的需求, 我們需要一套可以整合上面的各種軟件系統(tǒng), 能夠以生物學的各種試驗數(shù)據(jù)作為輸入數(shù)據(jù), 以強大的整合數(shù)據(jù)庫為中心,對生物學數(shù)據(jù)進行比較,分析,研究的系統(tǒng)。 BioNumerics正是為此應運而生的一套系統(tǒng), 它很好的滿足了研究機構(gòu)或診斷機構(gòu)對不同的生物學數(shù)據(jù)的比較分析的要求。 這套軟件系統(tǒng)已經(jīng)得到了很多研究機構(gòu), 包括大學, 醫(yī)院, 公共醫(yī)療中心, 食品,藥物和制藥企業(yè)以及廣泛的聯(lián)邦及私人的關(guān)于質(zhì)量控制, 篩選, 測試, 飼養(yǎng)等各種實驗室的廣泛的認可。
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