特別提示:包括SNP基因分型PCR試劑(探針法)在內(nèi),本公司的所有產(chǎn)品僅可用于科研實(shí)驗(yàn),嚴(yán)禁用于臨床醫(yī)療及其他非科研用途!
產(chǎn)品名稱:SNP基因分型PCR試劑(探針法)
英文名稱:BaiExact Genotyping qPCR PreMix(Probe)
產(chǎn)品貨號(hào):WH0109
產(chǎn)品規(guī)格:125次|500次
本制品是一款專門應(yīng)用于探針法SNP檢測(cè)的即用型2×濃度的熱啟動(dòng)PCR預(yù)混試劑。該預(yù)混試劑含有特異的抗體修飾Taq DNA聚合酶,能有效檢測(cè)低豐度的DNA模板。精心配制的獨(dú)特PCR緩沖液能有效消除眾多PCR抑制劑對(duì)PCR的抑制及對(duì)熒光信號(hào)淬滅的影響,對(duì)SNP鑒定有很好的特異性和擴(kuò)增效率。
產(chǎn)品特點(diǎn):
1.防彈式基因分型---輕松屏蔽PCR抑制劑對(duì)SNP分型的影響。
2.快速反應(yīng)----對(duì)多數(shù)實(shí)驗(yàn)?zāi)軌驁?zhí)行快速PCR操作。
3.熒光信號(hào)強(qiáng)----強(qiáng)勁的SNP分型僅需少量的引物探針。
4.避免操作失誤----添加藍(lán)色指示染料,監(jiān)控實(shí)驗(yàn)添加過程。
試劑盒原理:
本制品適用于水解探針法進(jìn)行模板的熒光定量PCR和SNP檢測(cè),該產(chǎn)品可以克服PCR反應(yīng)液中的抑制因子,特別是對(duì)粗提樣本,其表現(xiàn)出高度的抗逆性。適用于植物,動(dòng)物,以及一些環(huán)境樣本的粗提液。
2×BaiExact Genotyping PreMix(Probe)中特異的抗體修飾熱啟動(dòng)Taq DNA聚合酶,95℃條件下僅需2~5分鐘即可激活全部酶活,減少了反應(yīng)時(shí)間,同時(shí)大限度的減少PCR擴(kuò)增全程中的非特異性擴(kuò)增,配合精心優(yōu)化的buffer體系,使該產(chǎn)品對(duì)于序列變異的鑒定有很好的特異性和擴(kuò)增效率。
2×BaiExact Genotyping PreMix(Probe)包含dNTPs,增強(qiáng)劑,穩(wěn)定劑等以提高產(chǎn)物特異性和反應(yīng)靈敏度,并包含一種微藍(lán)色的指示染料,該染料對(duì)PCR反應(yīng)以及探針熒光沒有任何影響;使操作更加方便,避免大量樣本小體系(10μl體系)操作過程中容易產(chǎn)生的加樣錯(cuò)誤。
試劑盒組成:
組分
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20μl×125次
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20μl×500次
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2× BaiExact Genotyping PreMix(Probe)
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1.25ml
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4×1.25ml
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50×ROX Reference Dye
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250 μl
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1ml
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RNase-Free ddH2O
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2×1ml
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5×1ml
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儲(chǔ)存條件:收到本產(chǎn)品后,請(qǐng)立即置于-20℃避光保存,在該條件下避光可保存2年。從-20℃取出使用時(shí),將凍存的2× BaiExact Genotyping qPCR PreMix(Probe)和50×ROX Reference Dye溶解,然后輕輕顛倒混勻,待溶液完全均一后再行使用。如解凍后沒有使用,須徹底混勻后重新冷凍(在解凍過程中鹽會(huì)出現(xiàn)分層現(xiàn)象,未混勻進(jìn)行冷凍,鹽晶體的析出將會(huì)對(duì)酶造成損害)。如需一段時(shí)間內(nèi)經(jīng)常取用,可在2~8℃條件下儲(chǔ)存3個(gè)月。避免反復(fù)多次凍融。
注意事項(xiàng):請(qǐng)務(wù)必在使用本試劑盒之前閱讀此注意事項(xiàng)。
1.如果試劑沒有混勻,其反應(yīng)性能會(huì)有所下降。使用時(shí)請(qǐng)上下顛倒輕輕混勻,請(qǐng)不要使用振蕩器進(jìn)行混勻,盡量避免出現(xiàn)泡沫,并經(jīng)瞬時(shí)離心后使用。
2.本產(chǎn)品中不含有熒光探針。
3.引物終濃度為300 nM,探針終濃度為200 nM可以在大多數(shù)體系中獲得良好的擴(kuò)增結(jié)果。需要進(jìn)一步優(yōu)化引物濃度的,可以在100-900 nM范圍內(nèi)調(diào)整;需要進(jìn)一步優(yōu)化探針濃度的,可以在100-250 nM范圍內(nèi)調(diào)整。
4.20 μl反應(yīng)體系中,基因組DNA模板的使用量一般小于100ng。
操作步驟:
一、建立Real-Time PCR反應(yīng)體系:
1.溶解2× BaiExact Genotyping PreMix (如果保存在-20℃),50×ROX Reference Dye,模板,引物、探針和RNase-Free ddH2O,并將所有試劑在室溫下平衡并徹底混勻。
2.建議置于冰上進(jìn)行Real-Time PCR反應(yīng)液的配制。反應(yīng)體系如下:
成分
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使用量(20μl體系)
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終濃度
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2× BaiExact Genotyping PreMix(Probe)
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10μl
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1×
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正向引物(10μM)①
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0.6μl
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0.1~0.9μM
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反向引物(10μM)①
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0.6μl
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0.1~0.9μM
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探針(10μM)②
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0.4μl
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0.1~0.25μM
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模板
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2μl
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-
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50×ROX Reference Dye③
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-
|
-
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RNase-Free ddH2O
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至20μl
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-
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①引物終濃度為0.3 μM可以在大多數(shù)體系中獲得良好的擴(kuò)增結(jié)果。擴(kuò)增效率不高時(shí),可增加PCR反應(yīng)體系中的引物濃度;發(fā)生非特異擴(kuò)增時(shí),可適當(dāng)減少PCR反應(yīng)體系中的引物濃度。需要進(jìn)一步優(yōu)化引物濃度的,可以在0.1-0.9 μM范圍內(nèi)調(diào)整。
②探針的濃度與使用的Real-Time PCR擴(kuò)增儀、探針種類、熒光標(biāo)記物質(zhì)種類有關(guān),實(shí)際使用時(shí)請(qǐng)參照儀器說明書,或各熒光探針的具體使用說明進(jìn)行。通常探針終濃度為0.2 μM可以在大多數(shù)體系中獲得良好的擴(kuò)增結(jié)果。需要進(jìn)一步優(yōu)化探針濃度的,可以在0.1-0.25 μM范圍內(nèi)調(diào)整。
③幾種常見儀器的zuì適ROX Reference Dye濃度如下:
ABI PRISM 7000/7300/7700/7900HT/Step One等:5×(例如:5μl ROX/50μl體系);
ABI 7500、7500 Fast;Stratagene Mx3000P、Mx3005P和Mx4000等:1×(例如:1μl ROX/50μl體系);
Roche儀器,Bio-Rad儀器,Eppendorf儀器等:無需添加。
3.蓋上反應(yīng)管,輕柔混勻??啥虝弘x心,確保所有組分均在管底。
4.將反應(yīng)體系置于熒光定量PCR儀中,開始反應(yīng)。
二、進(jìn)行Real time PCR反應(yīng):
建議采用兩步法PCR反應(yīng)程序進(jìn)行反應(yīng);若模板量較低等因素導(dǎo)致擴(kuò)增效果不佳,可使用三步法程序進(jìn)行PCR反應(yīng)。
兩步法反應(yīng)程序:
階段
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循環(huán)
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溫度
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時(shí)間
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內(nèi)容
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熒光信號(hào)采集
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預(yù)變性
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1×
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95℃
|
2min④
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預(yù)變性
|
否
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PCR反應(yīng)
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40×
|
95℃
|
15sec
|
變性
|
否
|
60℃
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30sec⑤
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退火/延伸
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是
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三步法反應(yīng)程序:
階段
|
循環(huán)
|
溫度
|
時(shí)間
|
內(nèi)容
|
熒光信號(hào)采集
|
預(yù)變性
|
1×
|
95℃
|
5min④
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預(yù)變性
|
否
|
PCR反應(yīng)
|
40×
|
95℃
|
15sec
|
變性
|
否
|
50-60℃
|
15sec
|
退火
|
否
|
72℃
|
30sec⑤
|
延伸
|
是
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④解鏈時(shí)間的長(zhǎng)短與模板的長(zhǎng)度和GC含量有關(guān)。
⑤使用不同型號(hào)儀器進(jìn)行時(shí)間設(shè)定時(shí),請(qǐng)按照儀器使用說明書要求進(jìn)行實(shí)驗(yàn)操作,幾種常見儀器的時(shí)間設(shè)定見下表:
使用Roche,ABI 7500 Fast,BioRad和Agilent等公司熒光定量PCR儀時(shí)請(qǐng)?jiān)O(shè)定在15sec。
使用ABI 7900HT/7900HT Fast/ViiA 7/StepOne/StepOnePlus時(shí)請(qǐng)?jiān)O(shè)定在20 sec。
使用ABI 7000和7300時(shí)請(qǐng)?jiān)O(shè)定在31 sec。
使用ABI7500時(shí)請(qǐng)?jiān)O(shè)定在32 sec。
常見問題:
1.低濃度模板時(shí)擴(kuò)增曲線混亂,熒光強(qiáng)度變?nèi)?br />
原因
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解決辦法
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目標(biāo)DNA的拷貝數(shù)過少
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反應(yīng)液中的目標(biāo)DNA拷貝數(shù)只有幾倍到幾十倍時(shí),拷貝數(shù)散亂的概率變大,容易形成線性混亂。請(qǐng)適當(dāng)提高樣品濃度再進(jìn)行反應(yīng)。
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與引物二聚體發(fā)生競(jìng)爭(zhēng)
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目的片段擴(kuò)增的同時(shí)出現(xiàn)引物二聚體的擴(kuò)增,由于競(jìng)爭(zhēng)使目的片段的擴(kuò)增反應(yīng)變?nèi)?。?qǐng)摸索反應(yīng)條件或重新設(shè)計(jì)引物,以防止引物二聚體的形成。
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DNA被反應(yīng)離心管吸附而損失
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模板濃度較低或樣品稀釋后長(zhǎng)時(shí)間存放時(shí),會(huì)導(dǎo)致DNA被反應(yīng)離心管吸附而損失。請(qǐng)?zhí)岣邩悠窛舛仍龠M(jìn)行反應(yīng)。如果對(duì)樣品進(jìn)行稀釋,建議稀釋后立即進(jìn)行反應(yīng)。
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2.重現(xiàn)性差
原因
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解決辦法
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儀器方面的故障
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因?yàn)閮x器的不適用,在溫度管理或檢測(cè)時(shí)產(chǎn)生重現(xiàn)性差。請(qǐng)根據(jù)相應(yīng)儀器的說明書進(jìn)行點(diǎn)檢。
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樣品純度不好
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不純的樣品會(huì)導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)的重現(xiàn)性差。
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稀釋的模板放置太久
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濃度較低的DNA溶液存放時(shí)間較長(zhǎng)時(shí),由于被管壁吸附從而實(shí)際濃度會(huì)更低,建議從原液重新稀釋后再進(jìn)行反應(yīng)。另外,通過梯度稀釋的標(biāo)準(zhǔn)樣品zuì好每次使用時(shí)直接從原液稀釋。
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引物或探針質(zhì)量下降
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盡量避免新合成引物批次間的差異,可以使用原來質(zhì)量好的引物做為對(duì)照。
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PCR反應(yīng)條件、引物濃度、序列等不恰當(dāng)
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擴(kuò)增效率差的PCR較容易產(chǎn)生重現(xiàn)性差。通過變更引物和探針的濃度或PCR反應(yīng)條件來進(jìn)行調(diào)整。擴(kuò)增不好時(shí),一般可降低退火溫度或提高引物濃度,也可以延長(zhǎng)延伸時(shí)間。如模板的GC含量較高,可延長(zhǎng)變性時(shí)間。仍得不到改善時(shí),建議重新設(shè)計(jì)引物和探針。
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計(jì)量誤差
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反應(yīng)體積太小會(huì)導(dǎo)致檢測(cè)精度下降。請(qǐng)根據(jù)定量PCR儀推薦的反應(yīng)體積重新實(shí)驗(yàn)。
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3.NTC可見擴(kuò)增
原因
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解決辦法
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發(fā)生交叉污染
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請(qǐng)更換新的試劑或滅菌水。仍無法得到改善時(shí),請(qǐng)嘗試到新的實(shí)驗(yàn)環(huán)境進(jìn)行操作。
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儀器設(shè)定誤差(多重PCR)
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當(dāng)使用幾種熒光探針時(shí),請(qǐng)正確設(shè)定熒光測(cè)定,防止出現(xiàn)因不同染料的光譜交叉而導(dǎo)致的檢測(cè)信號(hào)差異。
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4.?dāng)U增曲線熒光信號(hào)很弱,或擴(kuò)增曲線呈鋸齒狀
原因
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解決辦法
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檢測(cè)光光譜設(shè)定誤差
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由于目前不同熒光定量PCR儀的原理和提供的檢測(cè)光光譜范圍的差異,因此在選擇探針的發(fā)光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)時(shí)一定要根據(jù)所用的儀器型號(hào)設(shè)置的可檢測(cè)的熒光信號(hào)范圍內(nèi)選擇。請(qǐng)參照儀器的使用說明書,重新確定參數(shù)設(shè)置。
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熒光探針純度太低
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請(qǐng)使用HPLC級(jí)別以上純化的Probe,否則殘留的未結(jié)合的熒光染料會(huì)造成基線上飄,從而導(dǎo)致擴(kuò)增產(chǎn)物所產(chǎn)生的熒光值變低。
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熒光探針質(zhì)量較差
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由于探針保存中分解導(dǎo)致基線上飄,從而導(dǎo)致擴(kuò)增產(chǎn)物所產(chǎn)生的熒光值變低。此外,一部分熒光染料不適合含有EDTA的buffer進(jìn)行保存。請(qǐng)按照Probe合成公司推薦的保存條件。
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熒光采集時(shí)間太短
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對(duì)部分儀器,需要更長(zhǎng)的延伸時(shí)間來充分采集熒光。擴(kuò)增曲線鋸齒狀較明顯時(shí),將延伸時(shí)間設(shè)定為45-60 sec可得到改善。
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根據(jù)您的關(guān)注的
SNP基因分型PCR試劑(探針法),SNP基因分型試劑盒,您可能還對(duì)以下產(chǎn)品有需求:
名稱:2×BAmp MasterMix(含染料)
貨號(hào):WE0106
規(guī)格:5ml
BAmp MasterMix由BAmp DNA Polymerase、PCR Buffer、Mg2+、dNTPs以及PCR穩(wěn)定劑和增強(qiáng)劑組成的預(yù)混體系,濃度為2×。BAmp DNA Polymerase是一種兼具高擴(kuò)增效率和高保真性的耐熱聚合酶。其主要特點(diǎn)是可以擴(kuò)增長(zhǎng)片段DNA,尤其在擴(kuò)增>10 kb的DNA片段方面,其更加明顯,所擴(kuò)增的片段zuì長(zhǎng)可以達(dá)到40 kb。該酶具有高度的延伸和校對(duì)能力,保真度高于普通Taq酶。預(yù)配好的PCR混合液使操作更加簡(jiǎn)單快捷,可zuì大限度地減少人為誤差和污染。的MasterMix配方使整個(gè)反應(yīng)體系非常穩(wěn)定,重復(fù)性好。本產(chǎn)品已加入染料(藍(lán)色),反應(yīng)結(jié)束后可直接進(jìn)行電泳檢測(cè),無需再使用上樣緩沖液。擴(kuò)增得到的PCR產(chǎn)物3"端附有一個(gè)“A”堿基,因此可直接用于T/A克隆。適用于構(gòu)建基因圖譜、序列測(cè)定及分子遺傳學(xué)研究等。
產(chǎn)品組成:
組份
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1ml
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5ml
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2×BAmp MasterMix(With Dye)
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1ml
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5×1ml
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ddH2O
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1ml
|
5×1ml
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注意:2×BAmp MasterMix含有BAmp DNA Polymerase,3 mM MgCl2 和400μM each dNTP。
質(zhì)量控制:
1、經(jīng)檢驗(yàn)無外源核酸酶活性;
2、PCR方法檢測(cè)無宿主殘余DNA;
3、能有效地?cái)U(kuò)增多種基因組中的單拷貝基因。
使用方法:
以下舉例為以人基因組DNA為模板,擴(kuò)增1 kb的片段的PCR反應(yīng)體系和反應(yīng)條件,實(shí)際操作中應(yīng)根據(jù)模板、引物結(jié)構(gòu)和目的片段大小不同進(jìn)行相應(yīng)的改進(jìn)和優(yōu)化。
1、PCR反應(yīng)體系
試劑
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50μl反應(yīng)體系
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終濃度
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2×BAmp MasterMix(With Dye)
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25μl
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1×
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Forward Primer,10μM
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2μl
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0.4μM
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Reverse Primer,10μM
|
2μl
|
0.4μM
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Template DNA
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<0.5μg
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<0.5μg/50μl
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ddH2O
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up to 50μl
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注意:引物濃度請(qǐng)以終濃度0.1-1.0μM作為設(shè)定范圍的參考。擴(kuò)增效率不高的情況下,可提高引物的濃度;發(fā)生非特異性反應(yīng)時(shí),可降低引物濃度,由此優(yōu)化反應(yīng)體系。
2、PCR反應(yīng)條件
步驟
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溫度
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時(shí)間
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循環(huán)數(shù)
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預(yù)變性
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94℃
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2 min
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變性
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94℃
|
30 s
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25-35 個(gè)循環(huán)
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退火
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55-65℃
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30 s
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延伸
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72℃
|
30 s
|
終延伸
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72℃
|
5 min
|
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注意:
1)一般實(shí)驗(yàn)中退火溫度比擴(kuò)增引物的熔解溫度Tm低5℃,無法得到理想的擴(kuò)增效率時(shí),適當(dāng)降低退火溫度;發(fā)生非特異性反應(yīng)時(shí),提高退火溫度,由此優(yōu)化反應(yīng)條件。
2)延伸時(shí)間應(yīng)根據(jù)所擴(kuò)增片段大小設(shè)定,BAmp DNA Polymerase的擴(kuò)增效率為2.0 kb/min。
3)可根據(jù)擴(kuò)增產(chǎn)物的下游應(yīng)用設(shè)定循環(huán)數(shù)。如果循環(huán)次數(shù)太少,擴(kuò)增量不足;如果循環(huán)次數(shù)太多,錯(cuò)配機(jī)率會(huì)增加,非特異性背景嚴(yán)重。所以在保證產(chǎn)物得率的前提下應(yīng)盡量減少循環(huán)次數(shù)。
儲(chǔ)存條件:-20℃,避免反復(fù)凍融。
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關(guān)注
SNP基因分型PCR試劑(探針法),SNP基因分型試劑盒的同時(shí),為您推薦更多您可能感興趣的產(chǎn)品:
貨號(hào)
|
名稱
|
規(guī)格
|
BTN60804
|
PCR抑制物清除劑
|
1mL
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BTN70902
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5M甜菜堿溶液,PCR級(jí)
|
1.5mL
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BTN130923
|
LAMP擴(kuò)增陽性對(duì)照
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50次
|
YT376
|
PCR Buffer套裝(用于PCR優(yōu)化)
|
5ml
|
ALH286
|
10mM dNTP混合溶液
|
1ml|5ml
|
ALH257
|
M-MuLV反轉(zhuǎn)錄酶(不含RNase H活性)
|
10KU|10KU×5
|
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